Fundada por Mons. André Pedro Frank, por ordem do Arcebispo MetropolitanoDom João Becker, ela foi criada junto com a Paróquia Nossa Senhora da Saúde. O tempo passava e a pequena Escola Paroquial crescia.
Paralelamente, em 1922, o Conselho Paroquial iniciou a construção de um prédio destinado à formação de meninos, ao lado da Praça Guia Lopes. Inaugurado em 1.º de março de 1923, o Colégio São Luiz foi fechado em 1926, por ordem de Dom João Becker, em função de dificuldades financeiras e significativa diminuição de alunos.
O prédio ficou vazio e os alunos lá matriculados foram encaminhados à Escola Paroquial dirigida pelas Irmãs de São José.
Em 1933, a Escola Paroquial transferiu-se para o prédio da Praça Guia Lopes, sob a direção das Irmãs de São José, passando a denominar-se oficialmente de Colégio São Luiz.
Em 1945, com a Reforma Capanema, houve uma intensa proliferação de Ginásios no Estado. Apesar das dificuldades financeiras, em 19 de março de 1955, com o lançamento da pedra fundamental, a Congregação das Irmãs de São José assumiu o desafio da construção do edifício onde funcionaria o Ginásio Misto São Luiz.
A inauguração do prédio ocorreu em 25 de abril de 1956, ofertando a 1.ª e a 2.ª séries ginasiais. Em 1957, todos os níveis de ensino foram transferidos para o novo prédio da Avenida Teresópolis.
